Pusat Rehabilitasi YAKKUM didirikan pada tanggal 16 November 1982 dengan nama Proyek Rehabilitasi Bethesda atas prakarsa dari Colin McLennan dari Selandia Baru. Proyek ini didirikan untuk menolong penyandang disabilitas fisik yang ada di Indonesia dengan dukungan dana dari Persekutuan Gereja Presbyterian & Methodist di Selandia Baru.
Pendirian lembaga ini atas persetujuan Sidang Dewan Gereja Indonesia di Tomohan Sulawesi Utara. Pada awalnya, lembaga ini bernama Proyek Rehabilitasi Bethesda yang kemudian diampu langsung implementasinya oleh Rumah Sakit Bethesda. Dengan bantuan dana dari EZE pada tahun 1987 lembaga ini berhasil membangun gedung di Jl. Kaliurang Km.13,5, Besi, Yogyakarta diatas tanah seluas 9000 meter persegi. Dan pada tahun 1991 berganti nama dari Proyek Rehabilitasi Bethesda menjadi Pusat Rehabilitasi YAKKUM.
Program yang dikembangkan pada periode 1982-1994 lebih banyak membantu anak dan remaja penyandang disabiltas fisik agar mereka dapat mandiri secara fisik dan ekonomi. Pada waktu itu, kegiatan yang dilakukan masih sebatas rehabilitasi fisik dengan operasi, pelayanan klinik, fisioterapi, pendidikan, pemberian alat bantu dan kursus ketrampilan.
Pada periode 1996-2004 mulai ada perkembangan program okupasi terapi dan psikososial, sebagai bentuk jawaban terhadap kebutuhan penyandang disabilitas. Kemudian pada tahun 2007, selain masih mengimplementasikan program yang sudah ada, Pusat Rehabilitasi YAKKUM juga mulai banyak terjun ke program Rehabilitasi Bersumberdaya Masyarakat (RBM). Program RBM ini lebih banyak dilakukan langsung di masyarakat sebagai bentuk edukasi terhadap masyarakat untuk dapat menciptakan rehabilitasi mandiri yang bersumberdaya masyarakat. Sejalan dengan program tersebut, Pusat Rehabiliatsi YAKKUM juga membangun sebuah program livelihood untuk penyandnag disabilitas sebagai salah satu upaya peningkatan pendapatan ekonomi penyandang disabilitas.
Pada tahun 2011, Pusat Rehabilitas YAKKUM juga mulai mengembangkan Program Pengurangan Resiko Bencana Inklusif. Program ini merupakan program edukasi kepada masyarakat serta penyandang disabilitas di dalamnya dalam mengurangi resiko bencana sekaligus sebagai ranah advokasi penyandang disabilitas untuk bisa ikut memiliki peran di dalam masyarakat. Kesemua perkembangan yang terjadi tersebut tidak terlepas dari dukungan dan kerjasama dengan berbagai pihak, baik dari pihak pemerintah, non-pemerintah serta masyarakat sendiri.
Studi Percontohan untuk Pengembangan Peta Kesehatan Jiwa di Indonesia, selanjutnya secara ringkas disebut One Map for Mental Health Atlas (OMMHA) diinisiasi untuk mengembangkan sistem data layanan kesehatan jiwa yang terintegrasi secara vertikal dan akan menampilkan peta layanan Kesehatan jiwa di Kabupaten Kebumen, sebagai salah satu upaya untuk menjawab tantangan tersebut.
Every Life Matters (ELM) adalah sebuah inisiatif yang bertujuan memastikan orang dengan disabilitas, khususnya disabilitas psikososial, dapat menikmati hak kesehatan secara penuh dalam lingkungan yang inklusif, bermartabat, dan bebas stigma.
Program ini bertujuan untuk menggabungkan nilai-nilai spiritual dan pendekatan ilmiah berbasis bukti dalam sebuah program pelatihan pertolongan pertama kesehatan mental bagi para pemimpin agama. Program ini diharapkan dapat membekali pemimpin agama dengan pengetahuan dan keterampilan dasar untuk membantu masyarakat secara lebih tepat dan efektif.
Kader adalah penggerak dalam berbagai aspek kehidupan sosial masyarakat. Di tingkat desa/kelurahan, kader berperan untuk mendorong partisipasi bermakna kawan-kawan Difabel Psikososial agar terlibat aktif dalam proses pembangunan di masyarakat. Oleh karena itu, peran kader menjadi bagian penting dalam kerja-kerja inklusi disabilitas. Di tangan merekalah tongkat estafet diberikan dan dilanjutkan untuk memastikan kawan-kawan Difabel Psikososial dapat selalu terlibat dalam pembangunan, dimulai dari tingkat desa.
